Здається, у Кейт Майєр є все: чудовий будинок у провінції, двоє дітей і відданий чоловік. Тим не менш, Кейт не почувається щасливою. Вона розчарована не лише своїм шлюбом, а й усім своїм життям. Намагаючись щось змінити у своєму житті, вона подає на розлучення і влаштовується на свою першу в житті роботу в невеликому агентстві нерухомості. Там вона закохується у свого боса. Все було б просто, але її начальник... жінка.

Мутанти продовжують боротьбу проти суспільства, яке їх лякає і якому вони не довіряють. Їхнє положення стає ще більш безвихідним, коли на президента нападає невідомий, що володіє екстраординарними здібностями. Раптовий напад знову стає причиною політичного й суспільного резонансу із приводу введення реєстрації мутантів і причиною утворення руху проти мутантів, очолюваного Вільямом Страйкером, колишнім військовим, який нібито проводив експерименти над мутантами.

Поки залишки армії Зіона б’ються з безжалісними машинами, агент Сміт виходить з-під контролю своїх колишніх господарів і завойовує світ Матриці. Нео вирушає до міста машин, зустрічається з «комп’ютерним богом» і укладає з ним угоду. Долі людей та їх механічних противників залежать від результату двобою Нео зі Смітом...

Нео, Морфей та Трініті намагаються захистити підземне місто Зіон - останню схованку людей, про існування якої нарешті дізнались безжалісні машини. Для цього героям потрібно проникнути у світ Матриці і перезавантажити її.